Fire Emblem: Mystery of the Emblem é um anime em 2 episódios, dirigido por Shin Misawa e produzido pela KSS e Fantasia Studio. Lançado em 1996, é baseado em Fire Emblem: Monshou no Nazo, o terceiro jogo da série de games, que por sua vez incluiu um remake de Fire Emblem: Ankoku Ryuu to Hikari no Ken, o primeiro jogo da série.
Uma vez, muito antes dos primeiros registros da história, existia um lugar chamado de Santa Akanea, fundada pelo grande herói Anri. Cercada em todas as direções por outras sete grandes nações, convivera pacificamente com as nações vizinhas por muitos anos.

Então os três deuses: da discórdia, da raiva e da guerra mandam Medius, mestre do estilo das trevas e líder do país Durhua, para unir forças com Garnev, comandante e supremo sacerdote de Khadin. Os exercitos e fortalezas de Akanea não eram páreos para seus poderes, e apesar da valente resistência, Akanea fora logo consumida pelas forças das trevas. No entanto, Medius viria a se arrepender do dia em que conquistara Akanea. O espírito da terra não se extinguiria enquanto as chamas da liberdade continuassem a queimar no coração do povo de Akanea. Não enquanto restasse um herói onde o sangue de Anri continuasse a fluir. Com a espada ncantada Falcoin em mãos o príncipe Mars lideraria o povo e iniciaria uma cruzada para libertar Santa Akanea, através de uma sangrenta vingança para com o mestre de Durhua.

É assim que esta história tem início...