Os guerreiros chamados “Cavaleiros” são os heróis da esperança que, ao longo da história, sempre se levantaram para defender o bem quando as forças do mal ameaçaram o nosso planeta. Eles trajam armaduras sagradas e lutam para proteger Atena, a deusa que cuida da vida em nosso mundo. Seiya, o Cavaleiro de Pégaso, salvou Atena inúmeras vezes com a ajuda de seus amigos, os chamados Cavaleiros de Bronze – que, apesar de estarem hierarquicamente abaixo de outros níveis de cavaleiros, viveram batalhas que se tornaram lendárias. Eis que então o deus da Guerra e guardião do planeta de mesmo nome, Marte, outrora trancafiado por Seiya, ameaça retornar à Terra com planos malignos em mente. Enquanto isso, Saori Kido, encarnação humana da deusa Atena, cuida do jovem garoto Kouga, cuja vida foi salva por Seiya e que vem treinando a cada dia para se tornar um guerreiro, preparando-se para a crise que se aproxima. Sem saber do seu destino, quando Kouga desperta o poder do cosmo dentro de si, a cortina se abre para o surgimento da lenda de um novo guerreiro, pois nasce o novo Cavaleiro de Pégaso!O enredo de Omega acontece no futuro, 25 anos depois das guerras santas narradas no mangá original e sua adaptação para anime. A deusa Atena ainda está na Terra enfrentando o mal como vem fazendo há milênios. Atena e sua nova geração de Cavaleiros se preparam para enfrentar um novo inimigo que surge nesta nova era, em que Seiya de Pégaso, o protagonista do mangá de Kurumada, é reverenciado como um Cavaleiro lendário.