Duzentos anos antes da época feudal japonesa onde o anime se passa, quando invasores provenientes da China atacaram o Japão, um grupo de "youkais" vindos da China também atacou. Porém os "youkais" japoneses liderados por Inu no Taishou (o pai de Inuyasha) travaram uma longa batalha contra os invasores, comandados por Hyouga e seu filho Menomaru, e venceram. Após a derrota de Hyouga, Inu no Taishou lacrou Menomaru numa árvore da Floresta sem Retorno, árvore esta igual àquela na qual Inuyasha seria lacrado por Kikyou 150 anos depois. Porém, quando a Shikon no Tama (Jóia de Quatro Almas) foi destruída pela flecha de Kagome e seus fragmentos foram espalhados pelo Japão, um deles caiu exatamente na árvore onde Menomaru havia sido lacrado, e este quebra o lacre. E ele volta à ativa com desejo de vingar seu pai e retomar seus planos de conquista. Como Inu no Taishou já está morto, a sua vingança recai sobre Inuyasha. Porém, para colocar seus planos em ação, ele, com a ajuda de suas servas Ruri e Hari, planeja realizar um ritual da família Hyouga no qual herdará todos os poderes de seu pai. E cabe a Inuyasha e seus amigos deterem esta ameaça. No entanto, muitas dificuldades os esperam, e os sentimentos de Inuyasha por Kagome e vice-versa serão essenciais para o sucesso na batalha...