Este filme começa com os amigos de Inuyasha lutando contra seu maior inimigo, o famigerado Naraku. Porém, o meio-youkai não está lutando, pois é noite sem lua e ele está sem seus poderes. Durante o combate, Naraku destrói a cabana onde Inuyasha se escondia (sem querer) para que este não descobrisse sua fraqueza. Mas neste mesmo instante, o sol nasce e os poderes de Inuyasha voltam com força total.

Depois de uma difícil batalha, eles finalmente conseguem derrotar Naraku. Eles custam a acreditar, porém o desaparecimento do Kazaana (buraco do vento) na mão direita do monge Miroku é prova irrefutável de que eles haviam destruído o odioso inimigo. Com Naraku derrotado, Kagome fica se perguntando se após terminarem de recolher os fragmentos da Shikon no Tama (jóia de Quatro Almas) ela ainda terá motivos para voltar a era de Inuyasha. O grupo então se separa e a caçadora de youkais Sango finalmente se reúne a seu irmãozinho Kohaku, agora livre do controle mental de Naraku.

Porém, estranhamente, após a morte de Naraku, a lua tem estado cheia todos os dias e uma nova inimiga, Kaguya, que se auto-intitula "A Princesa dos Céus" e tem o poder de congelar o tempo, aparece, sendo auxiliada por Kana e Kagura, duas crias de Naraku, agora livres do controle deste. O que quer essa nova inimiga? E qual a razão de ela ter aparecido somente após a morte de Naraku?