Naruto Uzumaki é um jovem órfão que acaba de se graduar na escola ninja, sonhando se tornar um mestre ninja. Para as suas primeiras missões como ninja, ele é designado para uma equipe junto com dois amigos de classe: Sakura (por quem ele é apaixonado) e Sasuke (por quem Sakura é apaixonada), junto com o mestre Kakashi. Os quatro saem para fazer missões, que são aparentemente fáceis, mas que de que alguma forma acaba se tornando missões perigosas.

Naruto, mas do que qualquer um, deseja provar para todos da vila o seu valor, e ser reconhecido como o maior ninja.