Depois de 2 anos e meio de treino árduo com o ninja lendário Jiraya, Naruto Uzumaki regressa à sua terra natal, a Vila de Konoha, preparado para enfrentar os seus caçadores, a organização de ninjas renegados, Akatsuki e salvar o seu melhor amigo, Sasuke Uchiha, das mãos de Orochimaru. Junto a ele estão os restantes membros da sua velha equipe, Kakashi Hatake, o antigo mentor e Sakura Haruno agora discípula da quinta Hokage, Tsunade, que desenvolveu capacidades médicas extraordinárias, além de uma força sobre-humana e determinação ainda maiores. Mais tarde juntam-se à equipe, Tenzo, também conhecido por Yamato, um membro de elite da força ANBU, companheiro mais novo de Kakashi e com habilidades idênticas às do primeiro Hokage, e Sai um jovem ANBU pertencente a uma facção mais militarista de Konoha, que aparentemente não possui emoções.
Akatsuki, a organização terrorista tem um objetivo muito especifico, obter o poder das 9 bestas sagradas com cauda (Bijuu), consideradas pelos ninjas como a arma suprema, uma fonte infinita de chakra. Os seus nove membros irão tentar capturar as pessoas que possuem esses monstros no seu interior (Jinchuurikis) a todo o custo, não olhando os meios para conseguir os seus fins. Naruto e Gaara, agora Kazekage, possuem respectivamente Kyuubi , a raposa das 9 caudas, e Shukaku o tanuki de 1 cauda. Estarão a salvo da organização? Por outro lado vemos o caminho trilhado por Sasuke agora com Orochimaru, em busca da vingança contra o seu irmão, e a descoberta dos mistérios do clã Uchiha. Esta segunda parte da história é muito mais violenta e possui maior carga dramática que a primeira, e mostra como é possível crescer e manter a esperança mesmo quando as situações são dificeis, inevitaveis, frustrantes e dolorosas.