Kenshin tem vivido tranquilamente com Kaoru e seus amigos, quando é chamado pelo governo Meiji. Shishio Makoto, um antigo assassino, assim como Kenshin, foi traído, incendiado e deixado para morrer. Ele sobreviveu e agora está em Kyoto, planejando, juntamente com seus guerreiros, derrubar o novo governo. Contra a vontade de Kaoru, Kenshin aceita, relutantemente, a ir a Kyoto e ajudar a impedir que o país entre em uma nova guerra civil.