Durante a segunda metade do século 19, uma nova era amanheceu sobre o Japão. Os eventos que conduzem a este novo império, entretanto, eram obscuros, preenchidos de reinos de terror, torrentes de dor, e chuvas de sangue. Este era o começo da restauração da era Meiji. Em meio a todo este caos, eram os Shisen Gumi, e os Ishin Shishi, uma faixa de pequenos soldados que tentavam derrubar o reino de Tokugawa.

Shinta, ou Himura Kenshin como viria a ser chamado, quando criança foi vendido para mercadores de escravos após seus pais morrerem de cólera, porem este grupos de escravos após serem atacados por bandidos, foram mortos, exceto Himura Kenshin, que foi salvo por um mestre espadachim, Seijiru Hiko. E após este mestre perceber o quão furioso e abalado Himura estava por não poder ter conseguido proteger nenhuma das mulheres de seu grupo, sendo o único homem ali presente, se oferece para treinar Himura para que ele possa proteger o que é precioso para ele.

Anos depois, Himura se encontra no meio da batalha para restaurar a era Meiji, para que tragédias como a dele não se repitam mais. Assim nasce Himura Battousai, o maior e mais forte espadachim dos patriotas de Ishin, um garoto de 15 anos de idade que mata pela causa de construir um mundo... melhor.