A história se desenvolvem em um futuro onde um fenômeno separa uma parte do Japão, alguns dos nascidos neste lugar que é chamado de Terra Perdida, desenvolvem o poder de moldar a matéria (alter). Todos os usuários de alter são considerados terroristas por usarem seus poderes para beneficio próprio, por isso são caçados pela HOLY uma unidade governamental especializada em capturar usuários Alters nativos. A história tem como personagem principal Kazuma um usuário de alter que faz "pequenos" trabalhos para conseguir dinheiro, isso até quando se depara com a HOLY e principalmente com Ryuho um oficial também usuário Alter.