Muitos anos depois de um fenômeno geológico futuro na Prefeitura de Kanagawa, perto de Tóquio, as pessoas desenvolveram um poder que lhes confere a capacidade de desconstruir, redefinir e cristalizar a matéria em nível molecular usando apenas o pensamento e a força de vontade. Estas pessoas são conhecidas como "Alter". Com apenas 1% das gerações recém-nascidos recebendo energia especiais, embora este número sobe de forma constante como a série progride, alguns sentem uma superioridade sobre os seres humanos normais.

"s.CRY.ed Alteration" traz uma releitura da série, contando fatos não explicados, inclusive.